慈溪五磊寺根据清《雍正县志》的记载，始建于三国时期：“五磊寺，吴赤乌间有梵僧那罗延结庐修静”，看来那时大概只是石窟或草庐之类。现寺旁有一石窟，俗称祖师洞，大约是当时的遗迹。另外，寺内有“开山那罗延尊者之塔”，发掘时曾同时出土一座骨灰罐。中国佛教协会明确指出：“三国时期梵僧那罗延尊者是早期由印度来华高僧，他的墓应属古迹。”

    据文献记载，五磊寺宇的建设，始于唐僖宗文德年间（888年），名为“灵山禅院”。宋大中祥符初年，改名“五磊普济院”。清顺治二年（1645年），临济宗第三十一世道禅师任住持，成为临济宗著名丛林。宣统三年（1911年），天台宗四十三世谛闲法师主持讲席，改寺额为“灵山讲寺”，遂转为天台宗道场。

    五磊建寺以来的千余年间，殿宇时建时毁，佛事有兴有衰。其中建设最有成绩、佛事最为兴旺的当数如下几个阶段，使其在浙东佛教传播史上，留下了辉煌的篇章：宋天圣年间，岑继、智环任住持时期；清顺治初年，道禅师任住持时期；顺治六年（1649年）后，拙岩任住持20年期间；1911年至1922年，炳瑞法师任住持时期；1927年，谛闲法师来寺再主讲席时期和1931年弘一法师至五磊寺主持“南山律学院”时期。而寺院建设规模最大的，实在应该算真如法师主持的现今改革开放这个新阶段，在人民政府的大力支持下，不仅重建殿宇、重塑佛像，还修建进山公路，辟建周围风景点，恢复了其浙东名刹的光彩。

    近年，有人根据五磊寺中坐姿韦陀像的造型，判定五磊寺佛教是南传佛教。南传佛教又称南传上座部，盛行于斯里兰卡、缅甸、泰国、柬埔寨、老挝及我国云南省傣族地区，是由印度南传到斯里兰卡后发展起来的。